Sous la cathédrale Saint-Pierre se cachent les vestiges des églises qui l’ont précédée, dont la plus ancienne remonte à la fin du IVe siècle: Mais le sous-sol de Saint-Pierre abrite aussi des traces préchrétiennes de l’occupation de la colline: puits, aire de traitement du blé, bâtiment à probable vocation cultuelle, tombe allobroge.
Plusieurs espaces ont été spécialement aménagés et présentent, avec des techniques muséographiques modernes, l’un des plus importants sites archéologiques du nord des Alpes.